根据分析可知，香蕉皮、苹果皮是由内表皮细胞构成的一个细胞群，属于组织，有保护作用，是保护组织．番茄果肉是果肉细胞构成的细胞群，能储存营养物质，属于营养组织；大豆种子是由不同的组织构成的一个器官．也可以从植物体的结构层次上来分析，根、茎、叶、花、果实和种子六大器官构成绿色开花植物体，大豆种子属于六大器官之一．

故选：D