番茄是果实，果实是六大器官之一；也可以从器官的概念上来分析，器官是由不同的组织按照一定的次序联合在一起构成的一个具有一定功能的结构，番茄的最外面是果皮，属于保护组织，里面的果肉等部分含丰富的营养物质，属于营养组织，可见番茄是由不同组织构成的一个器官，故C正确．

故选：C