番茄果实的表皮具有保护内部柔嫩部分的功能． 属于保护组织．

A、番茄的果肉细胞的细胞壁薄，液泡大，有储存营养物质的功能．故属于营养组织．故A错

B、洋葱鳞片叶表皮具有保护内部柔嫩部分的功能． 属于保护组织．故B正确

C、三色堇叶叶脉有运输物质的作用，其内的导管能运送水和无机盐，筛管能运送有机物，属于输导组织．故C错

D、西瓜瓤细胞的细胞壁薄，液泡大，有储存营养物质的功能，因此属于营养组织． 故D错

故选B