A、番茄果实的表皮主要有包皮细胞构成，具有保护内部柔嫩部分的功能． 属于保护组织．符合题意．

B、番茄果肉含有丰富的营养物质，属于营养组织，不符合题意．

C、绿色开花植物具有根、茎、叶、花、果实和种子六大器官，番茄的种子是六大器官之一，不符合题意．

D、番茄细胞液是番茄细胞中液泡里的液体，含有各种有味道的物质，是细胞的一部分，不符合题意．

故选：A