参考答案：

(1)B公司将收到的环保设备的补助资金计入营业外收入存在不当之处。

处理意见：购置环保设备的补助资金50万元，应作为与资产相关的政府补助，在收到时确认为递延收益，然后自相关资产可供使用时起，在该项资产使用寿命内平均分配，计入当期损益。

(2)B公司将应收账款终止确认存在不当之处。

处理意见：由于是附追索权的转让，B公司从银行收到转让款时应将其确认为短期借款。

(3)B公司将该短期公司债券投资作为现金等价物列示存在不当之处。

处理意见：将该短期公司债券投资从现金等价物中剔除（或现金等价物中不应当包括该短期公司债券投资）。

(4)B公司在损益中确认300万元公允价值变动收益存在不当之处。

处理意见：有关房产在转换日的公允价值和账面价值的差异（1 000万元- 800万元= 200万元）应计入资本公积/转换日之后的公允价值变动（1 100万元-1 000万元=100万元）才能计入损益（公允价值变动收益）。

(5)B公司将委托贷款作为持有至到期投资核算存在不当之处。

处理意见：应当将该委托贷款作为其他应收款/可供出售金融资产核算。

(6)B公司将该在建工程转入固定资产的时间和开始计提折旧的时间存在不当之处。

处理意见：在建工程应在达到预定可使用状态时转入固定资产，并从次月起开始计提折旧。