A．竖直上抛，竖直下抛两个小球落地速度方向都是竖直向下，从抛出到落地的过程中运用动能定理得：

由题意可知，三个球的h、m、v₀都相同，所以末速度的大小相等，即两个小球的落地时速度相同，

根据v=v₀+gt，v相同，v₀不同（方向不同）所以运动时间不同，故A错误；

B、一个竖直上抛，一个竖直下抛，另一个平抛，三个球只受重力做功，所以三个球机械能都守恒，而初位置三个球机械能相等，所以落地时的机械能相等，故B错误．

C、速度相同包括方向相同，竖直上抛运动，竖直下抛运动落地的速度竖直向下，平抛运动的物体落地速度与竖直方向有一定的夹角，故三个小球落地速度不相同，故C错误；

D、根据B选项分析，这三个球运动过程中机械能守恒，而初时刻三个球机械能相等，所以在空中任意时刻三个物体的机械能相同，故D正确．

故选D．