答案：B

题目分析：考查从句。本题第一空是定语从句，先行词是the reason，后面的定语从句中的动词explain后面缺少宾语，故使用that引导先行词作为宾语。第二空that引导的是一个表语从句，后面的句子结构很完整，只需要一个连接词起连接作用即可，that在名词性从句中只起连接作用，不充当任何成分。句意：他给出来的迟到的原因是他起床晚了。故B正确。

点评：本题考查的定语从句和表语从句。在定语从句中，that是一个关系代词，在句中充当主语，宾语等；在名词性从句中that不充当任何成分，只起引导和连接作用。