参考答案：C

解析： 《中外合作经营企业法实施细则》第 10条规定，合作企业协议、章程的内容与合作企业合同不一致的，以合作企业合同为准。合作各方可以不订立合作企业协议。根据该条规定，合作企业协议、合作企业合同和合作企业章程三者中，合作企业合同的效力最高，所以B选项不正确，合作企业协议不是设立合作企业的必备文件，所以A选项不正确。第11条规定，合作企业协议、合同、章程自审查批准机关颁发批准证书之日起生效。根据该条规定，D选项不正确。第47条规定，合作企业的期限由中外合作者协商确定，并在合作企业合同中订明。根据该条规定，C选项正确。