参考答案：甲公司总经理懂计算机。

解析： 命题(1)和命题(3)之间具有反对关系，两者必有一假。既然三句话中只有一句是假的，所以这句假话必定在(1)和(3)之中，因此命题(2)肯定是一句真话，即甲公司小王懂计算机。由甲公司小王懂计算机，可以推出命题(3)“甲公司所有员工都不懂计算机”为假。根据题干“三句话中只有一句假”的已知条件，可推出命题(1)一定是真的，即“甲公司所有员工都懂计算机”为真，进而推出：甲公司总经理懂得计算机。