参考答案：D

解析：省、自治区、直辖市的行政区域界线的变更，由所在省、自治区、直辖市人民政府制定变更方案上报国务院，国务院批转民政部审核并征求有关部门意见后报请国务院审批。 据此，A项应由国务院审批。县、自治县、县级市、市辖区的设立、撤销、更名和隶属关系的变更，由县、自治县、县级市、市辖区人民政府制定变更方案报请所在的自治州、地级市人民政府或地区（盟）行政公署，自治州、地级市人民政府或地区（盟）行政公署同意后转呈所在的省、自治区人民政府，经省、自治区人民政府同意后上报国务院，国务院批转民政部审核并征求有关部门意见后报请国务院审批。据此，B项应由国务院审批。自治州行政区域界线的变更，由自治州人民政府制定变更方案报请所在的省、自治区人民政府，经省、自治区人民政府同意后上报国务院，国务院批转民政部审核并征求有关部门意见后报请国务院审批。据此，C项应由国务院审批。县、自治县、市、市辖区的部分行政区域界线的变更，由所在县、自治县、市、市辖区人民政府制定方案报请所在的自治州、地级市人民政府或地区（盟）行政公署，自治州、地级市人民政府或地区（盟）行政公署同意后上报所在的省、自治区人民政府，国务院授权省、自治区、直辖市人民政府审批。批准变更时，同时报送民政部备案。据此，本题应选择D项。