参考答案：A, B, C, E

解析：

自然生态指标包括：

①自然资源生态评价指标。

②自然资源生态效益指标。主要有绿色植物覆盖率、森林覆盖率，以及土壤肥力、水土保持、环境质量等方面的等级指标。

③反映生态结构合理程度的能量和环境状况指标。主要有各地区的光能利用率、植物的光能平均利用率、产品生产中的能量转化率等。