参考答案：

存在问题： 

1.项目A项目经理缺少书面变更申请 

2.缺少变更初审和变更方案论证环节 

3.在变更实施前，要将变更决定通知各有关的干系人，而不仅仅是小王 

4.变更实施中权限修改做法有误; 

5.缺少变更确认和发布环节。 

正确做法： 

1.由项目A项目经理就存在的缺陷修改提出书面变更申请; 

2.组织变更初审和变更方案论证; 

3.在变更获批后，将变更决定通知影响到的各有关干系人; 

4.变更实施中，在开发库开辟工作空间，从受控库取出相关的配置项，放于该工作空间，分配权限给程序员小王进行修改。 

5.变更实施完成，进行变更结果评估与确认，更新受控库中的相关配置项，并发布给各相关干系人。