棱长为4的正方体的体积为64，

如果只有棱长为1的正方体就是64个不符合题意排除，

如果有一个3×3×3的立方体（体积27）就有只能有1×1×1的立方体37个37+1＞29不符合题意排除，

所以应该是有2×2×2和1×1×1两种立方体．

则设棱长为1的有X个则棱长为2的有（29-X）个，

解方程：X+8（29-X）=64，

解得：X=24，

所以小明分割的立方体应为：棱长为1的24个，棱长为2的5个．

故选C．