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如何确定土地增值税的清算主体？

问题内容：我公司某项目的《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《国有土地使用权证》只有一个，报建费用也一齐缴纳；但立项批文注明分三期建设，并分别取得一期、二期、三期的《建筑工程施工许可证》，分期取得《竣工验收报告》、《预售许可证》、分期办理了大产权。

请问：

1、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第一条规定：“土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。”中“分期开发的项目”的确认标准是什么？

2、我公司该项目的清算主体应如何确定？