答案：D

题目分析：本题考查明清君主专制强化的表现。明朝朱元璋废除丞相制，使六部直接归中央管辖；清朝设立军机处，成为皇帝发布政令的枢纽；这两项措施都表明皇权的高度膨胀，尤其是军机处的设置，表明君主专制达到了顶峰。故选D项。