A、CO₂和CO两种物质中，碳原子中的质子数都是6，质子数相同，故选项正确；

B、一氧化碳中碳元素的质量分数=

12

28

×100%≈42.9%，二氧化碳中碳元素的质量分数=

12

44

×100%≈27.3%，故选项错误；

C、碳元素的化合价，一氧化碳中碳元素是+2价，二氧化碳中碳元素是+4价，故选项错误；

D、分子不同，性质不同，因此它们的化学性质不同，故选项错误；

故选A