A、通过潜望镜观察海面上的船只，利用了光的反射，不属于光的折射，不符合题意；

B、人们看到的树木、山峰在水中的倒影是平面镜成像现象，由光的反射形成的，不属于光的折射，不符合题意；

C、在太阳光下，从树叶缝隙间透下的小圆形光斑，是小孔成像现象，是由光的直线传播形成的，不属于光的折射，不符合题意；

D、潜水员从水面下看空中飞行的鸟比鸟的实际位置高，是由光的折射形成的，符合题意；

故选D．