人口的自然增长率由人口的出生率和人口的死亡率共同决定，一般来说：人口的自然增长率=人口的出生率-人口的死亡率，该地区平均1 000人中，出生了40个婴儿，死亡10人，故人口的自然增长率为30‰，即3%，故本题选D。