参考答案：A,E,D

解析：角化囊肿来源于原始的牙胚或牙板残余，所以1题选D；始基囊肿发生于成釉器发育的早期阶段，所以2题选E；含牙囊肿又称为滤泡囊肿，发生于牙冠或牙根形成之后，临床上常见囊肿含一个牙，所以3题选A。