经过两性生殖细胞结合的生殖方式叫有性生殖；不需要两性生殖细胞的结合，由母体直接产生新个体，这种生殖方式叫无性生殖．植物的无性生殖通常由植物体的营养器官（根、叶、茎）产生出新的个体，这种生殖方式叫做营养生殖，选项中A、B、C都是用营养器官进行的繁殖，都是无性生殖；种子的胚是由受精卵发育成的，经过了两性生殖细胞的结合，因此D种子繁殖是有性生殖的繁殖方式．

故选：D