A．等体积等浓度的盐酸和氢氧化钠混合恰好生成NaCl，则溶液的pH=7，故A错误；

B．pH=3的醋酸溶液，醋酸浓度大于0.001mol/L，pH=11的氢氧化钠溶液，浓度为0.001mol/L，等体积混合，醋酸有剩余，则溶液的pH＜7，故B错误；

C．物质的量相等的盐酸和氨水混合，盐酸和氨水恰好反应生成氯化铵，氯化铵是强酸弱碱盐水解而使溶液呈酸性，故C错误；

D．pH=3的盐酸溶液浓度是0.001mol/L，pH=11的氨水溶液，氨水浓度大于0.001mol/L，等体积混合，氨水过量，导致溶液呈碱性，故D正确；

故选D．