200人

题目分析：设该校第二次有x人捐款，则第一次有（x–50）人捐款，根据“第一次捐款总额为9000元，第二次捐款总额为12000元，且两次人均捐款额相等”即可列方程求解.

设该校第二次有x人捐款，则第一次有（x–50）人捐款，由题意得

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解得x=200. 

经检验，x=200是所列方程的解，并且符合实际问题的意义

答：该校第二次有200人捐款.

点评：解题的关键是读懂题意，找到等量关系，正确列方程求解，注意解分式方程最后要写检验.