时钟的时针与分针互相垂直，即时针与分针的夹角是90°，

3点整时，时针指向3，分针指向12．

钟表12个数字，每相邻两个数字之间的夹角为30°，

因此3点整分针与时针的夹角正好是90度．

故选D．