时针走一圈（360度）要12小时，即速度为360度/12小时=360度/（12×60）分钟=0.5度/分钟，

分针走一圈（360度）要1小时，即速度为360度/1小时=360度/60分钟=6度/分钟，

钟面（360度）被平均分成了12等份，所以每份（相邻两个数字之间）是30度，

所以X分钟后，时针走过的角度为0.5X度，分针走过的角度为6X度，

（1）显然1点整的时刻，时针与分针正好成30度角；

（2）设1点X分的时刻，时针与分针成90度角，则应该是分针在前，有

6X-（30+0.5X）=90，

所以5.5X=120，

所以X=240/11，

所以1点240/11分的时刻，时针与分针成90度角；

（3）当设1点X分的时刻，时针与分针成270度角，则应该是分针在前，有

6X-（30+0.5X）=270，

所以5.5X=300，

所以X=600/11，

所以1点600/11分的时刻，时针与分针成90度角；

（4）设2点X分的时刻，时针与分针成90度角（时针可以在前），有

6X-（60+0.5X）=90，

所以5.5X=150，

所以X=300/11，

所以2点300/11分的时刻，时针与分针成90度角；

（5）当设2点X分的时刻，时针与分针成270度角，则应该是分针在前，有

6X-（60+0.5X）=270，

所以5.5X=330，

所以X=60，

所以3点时刻，时针与分针成90度角；

综合以上，在1点整到3点的时间内，有4次时针与分针成90度角，时刻分别是1点240/11分，1点600/11分，2点300/11分，3点整．

故选：D．