∵程px+q=99的解为x=1，

∴p+q=99，

∵99是奇数，

∴p、q为一奇一偶，

∵p、q均为质数，

∴p=2或q=2，

当p=2时，q=99-2=97；

当q=2时，p=99-2=97，

∴pq=2×97=194．

故选A．