参考答案：A, B, C

解析：

按机电工程专业注册建造师签章文件类别均分为7类管理文件，即施工组织管理;施工进度管理;合同管理;质量管理;安全管理;现场环保文明施工管理;成本费用管理等。石油化工工程是6类，其中安全管理和现场环保文明施工管理，合并为一个类别。合同管理文件规定，包括合同管理文件;分包单位资质报审表;工程分包合同;劳务分包合同;材料采购总计划表;工程设备采购总计划表;工程设备、关键材料招标书和中标书;合同变更和索赔申请报告。而分包工程进度计划批准表属施工进度管理文件，工程质量保证书属质量管理文件。因此，机电工程专业注册建造师签章的合同管理文件包括：工程分包合同、索赔申请报告、工程设备采购总计划表。所以正确选项为ABC。

考点

《机电工程专业注册建造师签章文件目录》